Nel caso di un'isola gli unici modi per arrivare a San Miguel sono l'aereo o in barca. L'aeroporto internazionale di Ponta Delgada (João Paulo II) è servito da numerosi collegamenti giornalieri con il Portogallo continentale e offre voli regolari con Boston e Toronto e i principali aeroporti europei. Sono ancora disponibili diversi collegamenti giornalieri tra le isole.

Regolari collegamenti in barca presso la darsena di crociere dai porti di mare sono garantiti solo da maggio a settembre con connessione ad altre isole delle Azzorre più volte a settimana.