Da Porto San Paolo partono collegamenti giornalieri con l'isola di Tavolara. Da ricordare è anche la minore e meno conosciuta, perché di proprietà privata, isola di Molara. Porto San Paolo si trova a metà strada tra Olbia e San Teodoro, ciò significa che chiunque passi per la SS 125 che costeggia la zona nord-orientale della Sardegna dirigendosi verso uno o verso l'altro approdo turistico, transita nel territorio del paese.